当身体的免疫系统错误地攻击并破坏健康的身体组织时，就会发生自身免疫性疾病。这可能仅限于某些器官（例如自身免疫性甲状腺炎）或涉及不同部位的特定组织。自身免疫性疾病的治疗通常采用免疫抑制——降低免疫反应的药物。许多自身免疫性疾病已被认识。对自身免疫性疾病潜在病理生理学的主要理解是全基因组关联扫描的应用，该扫描已经确定了自身免疫性疾病之间惊人程度的遗传共享。
自身免疫性疾病相关期刊
临床与实验皮肤病学研究杂志、内分泌与代谢综合征、先天免疫与免疫疾病、过敏与治疗杂志、自身免疫杂志、自身免疫、基因与免疫、细胞免疫学、欧洲免疫学杂志、免疫学与细胞生物学、细胞与分子免疫学，免疫学进展