双端测序被定义为对片段两端进行测序并生成高序列数据的过程。双端测序可检测基因组重排、重复序列元件、基因融合和新转录本。由于双端读取更有可能与参考对齐，因此整个数据集的质量得到提高。所有 Illumina NGS（下一代测序）系统都能够进行双端测序。双端 DNA 测序读取可在包含重复序列的 DNA 区域之间提供卓越的比对，并通过填充共有序列中的间隙来生成更长的重叠群，用于从头测序。
双端测序相关期刊
下一代测序与应用杂志、遗传工程进展、计算机科学与系统生物学杂志、蛋白质组学与生物信息学杂志、转录组学：开放获取、生物信息学与序列分析杂志、测序牛津期刊、国际配对测序杂志、欧洲配对测序杂志，生物信息学测序杂志。